Оценка LOD или логарифм оценки шансов - это статистический тест, используемый в анализе генетической связи. Оценка LOD сравнивает вероятность получения тестовых данных, если два локуса связаны, с вероятностью получения тестовых данных, если два локуса не связаны.
Шаги
Шаг 1. Есть два случая расчета LOD
Чаще всего бывает, когда у вас небольшое количество потомства. В этом случае используйте метод под заголовком «Когда размер потомства небольшой». Если размер вашего потомства невелик и вы чувствуете, что количество рекомбинантов и нерекомбинантов точно представляет генетическое расстояние между двумя генами (что редко встречается в генетике человека), используйте метод под заголовком «Когда размер потомства большой».
Метод 1 из 2: когда размер потомства небольшой
Шаг 1. Предположите определенное генетическое расстояние между двумя генами (от 0 до 0 и 50 см)
Предположим, вы приняли генетическое расстояние (r) равным 0,1.
Шаг 2. Предположим, что у вас есть 13 человек, из которых 2 являются рекомбинантными
Вероятность нерекомбинации будет 1-r = 1-0,1 = 0,9.
Шаг 3. Поскольку вы хотите отслеживать каждый генотип, вы делите его на 2:
(1-р) /2=0.45. Вероятность рекомбинации будет r / 2 = 0,1 / 2 = 0,05.
- Вероятность получения данных, если два гена связаны, равна ((r / 2) ^ R) * (((1-r) / 2) ^ NR), где R = # рекомбинантов, а NR = # нерекомбинантов. Таким образом, вероятность получения данных, если два гена связаны, равна ((0,05) ^ 2) * ((. 45) ^ 11)
- Вероятность получения данных, если два гена не связаны, составляет (0,25) ^ (R + NR) = (0,25) ^ 13.
- Теперь логарифм шансов = (вероятность данных, если два гена связаны) / (вероятность данных, если два гена не связаны). Итак, логарифм шансов = (((0,05) ^ 2) * ((0,45) ^ 11)) / ((0,25) ^ 13) = 25,7
- Оценка LOD будет log10 (25,7) = 1,41.
Шаг 4. Повторите этот процесс для r как 0, 0,01, 0,03, 0,05, 0,3 и 0,5
Наивысшее значение LOD, которое вы получите, - это ваш правильный ответ. Предполагаемое генетическое расстояние, вероятно, близко к фактическому расстоянию между двумя интересующими генами
Метод 2 из 2: Когда размер потомства большой
Шаг 1. Установите родословную для двух локусов интереса
Чем больше данных вы соберете, тем лучше.
Шаг 2. Определите количество рекомбинантов и количество нерекомбинантов
Например, предположим, что аллели A1 и B1 одного локуса 1 произошли от одного родителя, а A2 и B2 в локусе 2 - от другого. Потомство, наследующее A1B1 или A2B2, является нерекомбинантным, тогда как потомство, наследующее A1B2 или A2B1, является рекомбинантным.
Шаг 3. Рассчитайте вероятность получения результатов, предполагая, что два локуса связаны
Это определяется как ((R / (R + NR)) ^ R) * ((1- (R / (R + NR))) ^ NR), где R = количество рекомбинантов, NR = количество нерекомбинантов.
- Например, в системе групп крови MNS M и S связаны, а N и s связаны. Предположим, что из 100 случайных индивидов 25 имеют гаплотип MS, 30 - гаплотип Ms, 6 - гаплотип NS и 39 - гаплотип Ns. Поскольку M и S связаны, а N и s связаны, MS и N не являются рекомбинантами, а Ms и NS являются рекомбинантами.
- Таким образом, количество рекомбинантов = R = 30 + 6 = 36, а количество нерекомбинантов = NR = 25 + 39 = 64. Частота рекомбинации R / (R + NR) = 36 / (36 + 64) = 0,36..
- Вероятность получения результатов при условии, что два локуса связаны, поэтому ((0,36) ^ 36) * ((1- (0,36)) ^ 64) = 4,19187538 * 10 ^ -29.
Шаг 4. Рассчитайте вероятность получения результатов в предположении, что два локуса не связаны
Это равно 0,5 ^ (NR + R). В приведенном выше примере это 0,5 ^ (64 + 36) = 0,5 ^ 100 = 7,88860905 × 10 ^ -31.
Шаг 5. Разделите вероятность получения результатов, предполагая, что два локуса связаны (из шага 3 выше), на вероятность получения результатов, предполагая, что два локуса не связаны (из шага 4 выше)
В нашем примере это равно 4,19187538 * 10 ^ -29 / 7,88860905 × 10 ^ -31 = 53,14.
Шаг 6. Возьмите десятичный логарифм полученного выше отношения (Шаг 5)
Например, log 53,14 = 1,73.